Von der eigenen Familie verstoßen und von allen Pokémon gemieden, muss sich Rakyaru, ein noch junges Arkani, durch das Leben schlagen. Auf der Suche nach Antworten verlässt er seine Heimat und beginnt eine Reise, die sein Leben komplett verändern wird.
Vor langer Zeit wurde Darkrai, Herr der Finsternis, von Arceus aufgefordert, sich den Menschen zu besehen und zu beurteilen, ob sie es verdient hatten, mit den Pokémon den Planeten Erde zu teilen.
Die Menschen wurden zu dieser Zeit immer mächtiger.